澳门圣宝禄学校高中中英文双语课程的设置共有修身、国文、普通话、英语、数学、物理、化学、生物、历史、地理、音乐、美术、体育、电脑、会计、社会与人民、自然科学等十七个科目。
为了推行电子教学及提高教学效能，本校于2011年9月份起逐步推行「课室2012计划」，至2013年9月份的第三阶段，初一至高三所有科目的课程内容将全部上载到电脑以供学生学习之用。这个计划的目标，除了减轻学生书包的重量，也为了培养学生的学习兴趣，增进师生互动及家校合作，并随著世界资讯的脉动，让学生储备更大的弹性与竞争力以立足社会。
本校高中中英文双语课程的设置是为了致力促进学生达到《非高等教育制度纲要法》所订定的教育目标，著重提升学生在判断及解决难题的能力，鼓励他们衝破自己的极限，建立自信心及正确的价值观。中学部全面的高中中英文双语课程设计不仅有助学生适应海内外的大学，同时亦鞭策学生追求更卓越的成就。
根据教育暨青年局制定的《本地学制正规教育课程框架》及《本地学制正规教育基本学力要求》行政法规要求，本校中学课程发展淮则设置教育目标如下：
高中教育课程
一、高中教育课程旨在促使学生达到第9/2006号法律《非高等教育制度纲要法》第十条款所定的目标。
二、为适用上款的规定，政府、学校及教师发展高中教育课程时尤须注意下列事项：
（一）扩阔学生的知识基础，为其提供多元化的课程，让学生有更多的选择机会，以配合不同学生的志向及兴趣；
（二）促进学生全人发展，培养其终身学习能力；
（三）课程须切合学生的年龄特点及身心发展规律；
（四）关顾学生的个别差异及其教育需要；
（五）培养学生正面的价值观及态度，提升其生涯规划能力，为其接受高等教育、就业及未来的发展奠定基础；
（六）鼓励学生积极参与社会实践，提升其公民意识及能力；
（七）重视高中教育阶段与初中教育阶段的课程衔接。